Vojnomedicinska akademija je osnovana ukazom kneza Aleksandra Karađorđevića 2. marta 1844. godine, kao prva centralna vojna bolnica.
Jedan od njenih lekara je bio i dr Vladan Đorđević, osnivač srpske hirurgije. Godine 1909, ustanova je preseljena u novu zgradu sa 400 bolesničkih postelja, laboratorijom, kabinetom za rendgen, stomatološkim odeljenjem i sl. Već u to vreme je važila za najmoderniju zdravstvenu ustanovu na Balkanu. Nakon završetka Prvog svetskog rata, lekari ove bolnice su učestvovali u osnivanju Medicinskog fakulteta u Beogradu.
Poliklinika VMA je počela sa radom 1. aprila 1930. godine, a njen prvi upravnik je bio sanitetski general dr Sava Popović. Imala je i prijemno odeljenje na čijem čelu je bio sanitetski potpukovnik Aleksandar Milanović. U to vreme je Stalna bolnica Prve armije preimenovana u Glavnu vojnu bolnicu Kraljevine Jugoslavije. Godine 1948, osnovana je Specijalistička poliklinika čiji je načelnik bio general-major Andrija Dejak, a godinu dana kasnije i prijemno odeljenje koje je spojeno sa polikliničkom službom u jedinstvenu celinu. Godine 1950, ustanova je ponovo preimenovana i dobila je naziv Vojnomedicinska akademija.
Grb VMA iz perioda Vojske Jugoslavije
U periodu od 1949. do 1976. godine osoblje bolnice su činili medicinski tehničari, dok su lekari imali stalna postavljenja na matičnim klinikama i odeljenjima. Vremenom se menjala organizaciona struktura ustanove i otvoren je veliki broj novih kabineta, posebno posle 1976. godine kada je znatno uvećan broj vojnih osiguranika. Od 1945. do 1962. godine na VMA su lečeni i civili, a zatim je otvorena posebna Specijalistička poliklinika za građanska lica. Nova zgrada bolnice je izgrađena 1980. godine i nalazi se na Banjici.
Odlukom Vlade Srbije od 1. januara 2008. godine izvršena je funkcionalna integracija VMA u sistem javnog zdravstva Srbije. Time su stvoreni uslovi za besplatno medicinsko zbrinjavanje civilnih osiguranika, pod istim uslovima kao u Kliničkom centru Srbije.
